Instructions pour le dépot sur le site web

Processus de mise en commun des ateliers

• Créer une branche propre à l’atelier nommée explicitement mon_nom_parlant et basculer dessus

git checkout -b mon_nom_parlant

• Créer un fichier Rmarkdown de restitution de votre atelier fichier.Rmd dans votre branche

git add fichier.Rmd

git commit -m "restitution atelier"

• Pousser vos modifications sur le serveur distant

git push --set-upstream origin mon_nom_parlant ou

git push

• Faire une pull request (PR) sur github

• indiquer dans le message de la PR la liste des packages ou autres besoins

• Quand la PR passe les tests, demander le merge.

• corriger les erreurs éventuelles dans la compilation du Rmarkdown

• les admins peuvent avoir à mettre à jour l’image docker

Détails du fonctionnement

Le docker

(Lien vers la fiche pense-bête)[https://www.docker.com/sites/default/files/d8/2019-09/docker-cheat-sheet.pdf]

Pour créer des images Docker en local sur sa machine, voici une liste de commandes utiles

• Pour construire une image docker, il faut créer un fichier Dockerfile qui contient la recette du Docker. Pour ce site le ficher Dockerfile a la forme suivante

FROM rocker/geospatial:4
RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive; apt-get -y update \
 && apt-get install -y pandoc \
    pandoc-citeproc
RUN R -e "install.packages('remotes')"
RUN R -e "install.packages('microbenchmark')"
RUN R -e "install.packages('purrr')" # map function
RUN R -e "install.packages('BiocManager')" # map function
RUN R -e "BiocManager::install('BiocPkgTools')"
RUN R -e "install.packages('httr')" # GET function
ENV R_CRAN_WEB="https://cran.rstudio.com/"
RUN R -e "install.packages('cowplot')" # GET function
RUN R -e "install.packages('torch')"
RUN R -e "torch::install_torch(type = 'cpu')"
RUN R -e "install.packages('PLNmodels')"
RUN R -e "install.packages('torchvision')"

RUN apt-get update \
 && apt-get install -y --no-install-recommends \
  jags \
  mercurial gdal-bin libgdal-dev gsl-bin libgsl-dev \
  libc6-i386


RUN R -e "install.packages('INLA',repos=c(getOption('repos'),INLA='https://inla.r-inla-download.org/R/stable'), dep=TRUE)"
RUN R -e "install.packages('reticulate')"
RUN R -e "install.packages(c('inlabru', 'lme4', 'ggpolypath', 'RColorBrewer', 'geoR'))"
RUN R -e "install.packages(c('tidymodels', 'brulee', 'reprex'))"
RUN R -e "install.packages(c('poissonreg'))"
RUN apt-get install -y --no-install-recommends unzip python3-pip dvipng pandoc wget git make python3-venv && \
    pip3 install jupyter jupyter-cache flatlatex matplotlib && \
    apt-get --purge -y remove texlive.\*-doc$ && \
    apt-get clean

RUN pip3 install jax jaxlib torch numpy matplotlib pandas scikit-learn torchvision torchaudio
RUN pip3 install pyplnmodels
RUN pip3 install optax

puis demander la construction de l’image à l’aide de la commande

 docker build -t nom_depot_dockerhub/nom_du_repo:version  . ## avec un nom

et enfin pousser sur Dockerhub

 docker push nom_depot_dockerhub/nom_du_repo:version

Les actions

Dans les action de Github, on peut spécifier un container docker à utiliser, c’est ce que fait la ligne container du fichier d’action suivant, utiliser pour créer ce site web

name: website
on:
  push:
    branches:
      - main

jobs:
  build:
    name: Build website with rmarkdown
    runs-on: ubuntu-latest
    container: stateofther/r-finistr2023:0.5

    steps:
      - name: Checkout repository
        uses: actions/checkout@v2
      - name: Additional Packages
        run: Rscript -e "install.packages(c('ggbeeswarm', 'tictoc', 'bench', 'circlize', 'JuliaCall', 'GeoModels'))"
      - name: erase R-Julia-Geostats.qmd and fixing version
        run: rm "R-Julia-Geostats.qmd" "R-Julia-Geostats-v-fixing.qmd"
      - name: Generate slides
        run: "quarto render"
      - name: GitHub Pages action
        uses: peaceiris/actions-gh-pages@v3
        with:
          github_token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
          publish_dir: ./_site