FinistR : bootcamp R à Brocéliande

Où ? Quand ?

L’atelier Finist’R 2022 – ou bootcamp R du groupe State Of The R s’est déroulé à la station biologique de Paimpont du 22 au 26 août 2022.

StateoftheR est un réseau du département MathNum INRAE.

Il s’agissait de la sixième édition de l’atelier Finist’R. Cet atelier réunit annuellement un groupe de chercheurs, ingénieurs, doctorants, tous utilisateurs avancés de R et dévelopeurs de paquets pour explorer les dernières fonctionalités du logiciel et les nouvelles pratiques de développement. A l’issue de l’atelier le collectif produit une synthèse de cette veille logiciel de manière à progresser collectivement dans l’utilisation du logiciel mais surtout dans la production d’outils statistiques à destination de la communauté.

Le résultat de cette semaine est disponible sur cette page

Participants

Emré Anakok, Julie Aubert, Pierre Barbillon, Anna Bonnet, Saint-Clair Chabert, Félix Cheysson, Julien Chiquet, Annaïg De Walsche, Sophie Donnet, Marie-Pierre Etienne, Pierre Gloaguen, Marina Gomtsyana, Tam Le Minh, Mahendra Mariadassou, Tristan Mary-Huard, Aurélie Mercadier, Cédric Midoux, Isabelle Sanchez, Mary Savino.

Idées explorées

Machine Learning

• Comprendre et apprendre à utiliser les outils de différenciation automatique

• Manipuler les auto-encodeurs variationnels

• Manipuler les réseaux de neurones bayésiens

• Faire le point sur l’évolution des packages (version R de Torch, tidymodels) https://torch.mlverse.org/docs/news/index.html https://tidymodels.tidymodels.org/index.html https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/applied-machine-learning/

• Intégrer sklearn dans un workflow mixte R/python

Ecosystème RStudio

• Rstudio addins
  • Comment en Programmer ?
  • Revue des addins existants qui peuvent être pertinent pour nous. Intégration de shiny gadget dans les addins. http://rstudio.github.io/rstudioaddins/ https://github.com/daattali/addinslist
• La différence entre le Pipe de maggritR %>% et celui de R (4.1+) |>

Shiny

https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/past-future-shiny/

Webscrapping et Analyse de texte

Analyse de données spatialisées

Reproductibilité, travail collaboratif

• Utilisation pratique de docker

• L’intégration continue en pratique

• quarto https://www.rstudio.com/blog/announcing-quarto-a-new-scientific-and-technical-publishing-system/ https://www.rstudio.com/conference/2022/keynotes/collaborate-with-quarto/

Graphiques et visualisation

• Visualisation de réseaux ou sorties des modèles sbm/lbm https://lrouviere.github.io/TUTO_GRAPHES/index.html

• package visNetwork https://datastorm-open.github.io/visNetwork/

Parallélisation, gestion mémoire …

• Nouveautés autour du package future https://www.futureverse.org/

Soutien