State of The R

Groupe de chercheurs et d’ingénieurs se réunissant pour approfondir leur savoir-faire, perfectionner la diffusion de leurs méthodes statistiques et échanger autour des dernières innovations de R et Rstudio

Ateliers à venir

La plupart des ateliers ont lieu dans la salle ACTIA à AgroParisTech.

Ateliers passés

Original slides by Mahendra Motivation About R Markdown Markdown: a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. R Markdown: a simple way to embed R chuncks in your markdown (see http://rmarkdown.rstudio.com and Antoine’s presentation for more details). Knitting (Ctrl+Shift+K): generates a document with both content and output of embedded R code chunks.

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Original Xaringan slides by Antoine are available here Code presentation Syntax Use <- for assignation and = for arguments Leave a space before ( (except when it’s part of a function call) after ) or , around =, <-, +, *, ==, etc x <- rnorm(n = 100000)^2 + rnorm(n = 100000)^2 hist(x[x < 10], col = "grey", xlab = "", ylab = "Count", main = "Chi-squared empirical distribution") Functions names When possible, use verbs for function names: add_row() or instead of row_adder() A function should do one thing well (it should be called either because it has side-effects or because it returns a value; not both) Don’t hesitate to split your long function in smaller ones Only use return() for early returns Comment your functions (use the Ctrl + Maj + C shortcut) Pipes For long pipes, use one verb per line Don’t ommit the parenthesis # Good summary_SL <- iris %>% drop_na() %>% group_by(Species) %>% summarise(Mean_SL = mean(Sepal.

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L’atelier du jour avait pour objectif la découvert du package data.table au travers d’exercises proposés lors de la dernière édition de UseR. Les slides avec les énoncés sont disponibles ici. L’apport de notre atelier est d’avoir systématiquement essayé de traiter les questions avec - les fonctionalités R de base - les fonctionalités offertes par le tidyverse (principalement dplyr) - les fonctionnalités du package data.table Pour les animateurs : vous êtes libre de compléter le post de blog.

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Vue d’ensemble Le package learnr permet de créer des tutoriels (voir le site dédié ou le blog de présentation). Les tutoriels incluent du texte, des champs pour taper et exécuter des commandes R (pouvant être pré-formatés) et des questionnaires à choix multiples. Les champs peuvent inclure des indices à afficher pour l’utilisateur ou des solutions. Pour fonctionner, le document créé au format Rmarkdown doit être envoyé sur un serveur shiny. Il est alors nécessaire de créér un compte sur shinyapp.

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À l’occasion d’une semaine d’ateliers du 28 août au 1er septembre 2017 à la station biologique de Roscoff, nous avons lancé

  • l’écriture d’un mini poly bookdown résumant les activités de la semaine
  • la formation d’un groupe github où sont hébergés nos projets en cours et à venir.

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Projets

Groupe github

formation d’un groupe github où sont hébergés nos projets en cours et à venir

Mini poly bookdown

Écriture d’un mini poly bookdown résumant les activités de la semaine d’ateliers à Roscoff 2017