Instructions pour le dépot sur le site web

Processus de mise en commun des ateliers

• Créer une branche propre à l’atelier nommée explicitement mon_nom_parlant et basculer dessus

git checkout -b mon_nom_parlant

• Créer un fichier Rmarkdown de restitution de votre atelier fichier.Rmd dans votre branche

git add fichier.Rmd

git commit -m "restitution atelier"

• Pousser vos modifications sur le serveur distant

git push --set-upstream origin mon_nom_parlant ou

git push

• Faire une pull request (PR) sur github

• indiquer dans le message de la PR la liste des packages ou autres besoins

• Quand la PR passe les tests, demander le merge.

• corriger les erreurs éventuelles dans la compilation du Rmarkdown

• les admins peuvent avoir à mettre à jour l’image docker

Détails du fonctionnement

Le docker

Lien vers la fiche pense-bête : [https://www.docker.com/sites/default/files/d8/2019-09/docker-cheat-sheet.pdf]

Pour créer des images Docker en local sur sa machine, voici une liste de commandes utiles

• Pour construire une image docker, il faut créer un fichier Dockerfile qui contient la recette du Docker. Pour ce site le ficher Dockerfile a la forme suivante

FROM rocker/verse:latest
RUN export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive; apt-get -y update \
 && apt-get install -y pandoc \
    pandoc-citeproc
RUN R -e "install.packages(c('aricode','tinytest','testthat', 'remotes'))"
RUN R -e "remotes::install_github('ropensci-review-tools/autotest')"
RUN R -e "install.packages(c('lobstr', 'parallel', 'microbenchmark', 'bettermc'))"
RUN R -e "install.packages('reticulate')"

puis demander la construction de l’image à l’aide de la commande

 docker build -t nom_depot_dockerhub/nom_du_repo:version  . ## avec un nom

et enfin pousser sur Dockerhub

 docker push nom_depot_dockerhub/nom_du_repo:version

Les actions

Dans les action de Github, on peut spécifier un container docker à utiliser, c’est ce que fait la ligne container du fichier d’action suivant, utiliser pour créer ce site web

name: website
on:
  push:
    branches:
      - master

jobs:   
  build:
    name: Build website with rmarkdown
    runs-on: ubuntu-latest
    container: stateofther/r-finistr2021:0.7

    steps:
      - name: Checkout repository
        uses: actions/checkout@v2
      - name: Generate slides
        run: Rscript -e "rmarkdown::render_site(encoding = 'UTF-8')"
      - name: GitHub Pages action
        uses: peaceiris/actions-gh-pages@v3
        with:
          github_token: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
          publish_dir: ./build