FinistR : bootcamp R à Roscoff
du 26 au 30 août 2019
Où ? Quand ?
La station biologique de Roscoff a accueilli la troisième édition du R Bootcamp du groupe State Of The R du 26 août au 30 août 2019.
Qui
Équipe finistR2019
1er rang
- Timothée Tabouy (UMR MIA Paris)
- Marie Perrot (UMR MIA Paris)
- Martina Sundqvist (UMR MIA Paris)
- Raphaëlle Momal(UMR MIA Paris)
2ème rang
- Félix Cheysson (UMR MIA Paris)
- Antoine Bichat (UMR Maiage - INRA)
- Marie-Pierre Étienne (IRMAR - Agrocampus Ouest)
- Sophie Donnet (UMR MIA Paris - INRA),
- Julie Aubert (UMR MIA Paris - INRA),
- Marie Morvan (IRMAR - Université de Rennes 1),
- Marine Marjou (UMR BioSP - INRA),
- Claire Gayral (UMR CNRS 5558 - LBBE),
3ème rang
- Gabriel Lang (UMR MIA Paris - Agroparistech)
- Pierre Barbillon (UMR MIA Paris - Agroparistech)
- Pierre Gestraud (Institut Curie)
- Pierre Gloaguen (UMR MIA Paris - Agroparistech)
- Pierre Navaro (IRMAR - CNRS)
Quoi
Cette semaine a été consacrée à l’approfondissement de diverses thématiques (méthodologiques, techniques) autour du logiciel R: ce site proposera un compte rendu des différents thèmes abordés. Les participants collaborent tous au contenu de ce site lors d’ateliers organisés en petits groupes.
Le compte rendu des éditions précédentes sont disponibles
Programme
Le programme proposé est le suivant
Les séquences en vert correspondent à des séances d’atelier en sous groupes. Les séquences en orange correspondent à un panorama du sujet indiqué, tandis que les séquences en bleu correspondent à des temps de réflexion et rédaction sur le rendu final.
Atelier 1 : Distill, communication et diffusion avec R
Exploration du package distill pour la creation de document scientifique
R pour la communication
- Des nouvelles de blogdown
- Le site de mon package avec pkgdown : le tuto de C. Gillespie à useR2019
- Des sites web avec R
- Des livres avec bookdown
- Des tables avec flextable
- …
Idées de réalisation
- Mise en place du site de rendu
- Structuration d’un document distill pour la soumission dans des conférences (RencontreR 2020 : ajout de tags, customiser la mise en forme, importer une contribution depuis un dépot github)
- Écrire une thèse avec bookdown
Atelier 2 : R écosysteme, Docker, R et Python, R et …
Docker
- Mettre en place les élements pour créer une image Docker, tester différentes instances pour utiliser différentes versions de R sur la même machine
- packrat pour la gestion de packages
- renv pour la gestion de packages
Interfaces
- reticulate pour lier Python et R
Idées de réalisation
- Comparer les résultats (performance et temps de calcul) d’une approche de classification par forêts aléatoires en R et Python
- Mettre en place une image docker pour le contenu de la semaine.
Atelier 3 : R for big data
Manipuler des données massives sous R
- Package data.table
Machine learning
- R et H2O
- caret
- parsnip
Idées de réalisation
- Un gros jeu de données, on compare les performances de différents modèles d’apprentissage
Atelier 4 : tidyverse : quoi de neuf ?
- Un tour des nouveautés dans le tidyverse
- Programmation dans le tidyverse avec rlang
Atelier 5 : Modèle mixte avec R : quelles sont les bonnes options ?
- Les packages à comparer lme4, lmerTest, MCMCglmm, mlmRev, broom.mixed, nlme, glmmmTMB
- spaMM