workshop

Développement autour du R-Markdown

Le programme de l’atelier proposé sur des développements autour de R Markdown - Créer des contenus pour R Markdown et shiny – Reporting tabulaire avec le package flextable Les fonctionnalités du package Les techniques utilisées pour l’intégration avec knitr Pratiquons : Créer une méthode d’impression tabulaire avec knitr et flextable pour les documents R Markdown – htmlwidgets : package ggiraph Les fonctionnalités du package Intégration dans le contexte shiny et dans le contexte R Markdown Implémentation du htmlwidget Pratiquons : Créer un simple htmlwidget Personnalisation des documents R Markdown Le triptyque CSS/JavaScript/HTML Exemples de thèmes xaringan, pagedown, blogdown Pratiquons : personnalisation d’un thème pagedown et d’un thème xaringan

R-Mxnet pour des applications du deep learning

Christophe Botella nous a preparé un atelier pratique présentant le deep learning et comment le mettre en application avec le package R-Mxnet. _ Le code de l’atelier Et la présentation

Comment Shiny peut vous aider dans vos simulations, vos collaborations et vos cours

Pierre et Benjamin nous ont préparé ‘quelque chose sur Shiny’: La présentation en full HTML

Introduction à plotly

Au cours d’une séance découverte un peu spécial, donnée lors de l’assemblée générale du département de mathématique et informatique de l’INRA, Mahendra nous a fait découvrir les potentialités de {plotly,ggplotly,crosscall} La présentation en full HTML Le chargement peut prendre du temps (googlefonts…)

rSTAN, un outil d'inférence bayésienne

Matthieu et Éric nous propose une séance sur {rSTAN}, l’interface R à la bibliothèque C++ Stan. Il s’agit d’algorithme inférence b yésienne utilisant une variante du Monte-Carlo Hamiltonien. On peut aussi faire de l’inférence fréquentiste par optimisation. Gros travail de Éric et Matthieu, et une base de document introductif très fouillé, merci! A bit of theory to understand Hamilton Monte Carlo Modèle Hiérarchique avec Stan Modèlisation Spatiale

Développement de package

Dans la continuité de ce qui a été fait à Beg-meil](https://stateofther.github.io/finistR2018/atelier3_package_creation.html), je vous propose un tour d’horizon des bonnes pratiques et de l’ensemble des outils disponibles pour réaliser le développement d’un package R. On parlera github, travis, {pkgdown], roxygen2, déploiement, {testthat], appveor, configure, Makevars, {usethis}, {devtools}, yaml, etc. Venez avec en tête de mettre les main dans le cambouis pour votre propre package.

Organisation des premières satRday française à Paris du 23 février

Séance dédiée à la préparation des satRday du lendemain: https://paris2019.satrdays.org Avec tous les bénévoles du groupe !

Efficient analysis of large-scale matrices with two R packages: bigstatsr and bigsnpr

R package {bigstatsr} provides a special class of matrix whose data is stored on the disk instead of the RAM, but you can still access the data almost as if it were in memory. It is particularly useful is you have a large matrix to analyze but not enough RAM on your computer. It can still be useful for matrices that fit in your RAM because package {bigstatsr} provides very efficient and parallelized algorithms (have you ever found cor or svd too slow?

Pimp my exam

Marco et Vincent vous proposent de prendre un peu de temps pour apprendre à se servir du package exams (disponible sur le CRAN) pour générer automatiquement des examens (QCM ou autres), corriger automatiquement ces examens, gérer un ensemble d’exercices collectivement, mettre en place une plateforme de e-learning. Gros programme mais un joli cadeau de Noël, puisque tout se fait en quelques lignes de code R ! L’intégrale des slides

Modeling in the Tidyverse and applications to metagenomics data

Antoine, notre fanatique du tidyverse, nous propose de jeter un coup d’oeil à broom et rsample, des packages de tidymodels, pour travailler proprement (aka en format tibble) avec les sorties S3 des méthodes statistiques comme lm ou kmeans et faciliter l’utilisation des méthodes de rééchantillonage. L’intégrale des slides