workshop

La plateforme Migale

Mahendra nous offre un tour su la plateforme Migale et plus généralement sur la soumission de job sur un serveur de calcul via qsub et les packages purrr, future and furrr. La présentation

Tidyverse suite (et fin??) avec forcats, lubridate et stringr

Antoine nous parlera de la manipulation des objets un peu particuliers de R que sont les facteurs, les dates et les heures, et les chaines de caractères et expressions régulières. Ceci finira notre tour du tidyverse avec forcats, lubridate et stringr, qui permettent de manipuler très facilement et lisiblement ces objets. lien vers les slides

Développement autour du R-Markdown

Le programme de l’atelier proposé sur des développements autour de R Markdown - Créer des contenus pour R Markdown et shiny – Reporting tabulaire avec le package flextable Les fonctionnalités du package Les techniques utilisées pour l’intégration avec knitr Pratiquons : Créer une méthode d’impression tabulaire avec knitr et flextable pour les documents R Markdown – htmlwidgets : package ggiraph Les fonctionnalités du package Intégration dans le contexte shiny et dans le contexte R Markdown Implémentation du htmlwidget Pratiquons : Créer un simple htmlwidget Personnalisation des documents R Markdown Le triptyque CSS/JavaScript/HTML Exemples de thèmes xaringan, pagedown, blogdown Pratiquons : personnalisation d’un thème pagedown et d’un thème xaringan

R-Mxnet pour des applications du deep learning

Christophe Botella nous a preparé un atelier pratique présentant le deep learning et comment le mettre en application avec le package R-Mxnet. _ Le code de l’atelier Et la présentation

Comment Shiny peut vous aider dans vos simulations, vos collaborations et vos cours

Pierre et Benjamin nous ont préparé ‘quelque chose sur Shiny’: La présentation

Introduction à plotly

Au cours d’une séance découverte un peu spécial, donnée lors de l’assemblée générale du département de mathématique et informatique de l’INRA, Mahendra nous a fait découvrir les potentialités de {plotly,ggplotly,crosscall} La présentation en full HTML Le chargement peut prendre du temps (googlefonts…)

rSTAN, un outil d'inférence bayésienne

Matthieu et Éric nous propose une séance sur {rSTAN}, l’interface R à la bibliothèque C++ Stan. Il s’agit d’algorithme inférence b yésienne utilisant une variante du Monte-Carlo Hamiltonien. On peut aussi faire de l’inférence fréquentiste par optimisation. Gros travail de Éric et Matthieu, et une base de document introductif très fouillé, merci! A bit of theory to understand Hamilton Monte Carlo Modèle Hiérarchique avec Stan Modèlisation Spatiale

Développement de package

Dans la continuité de ce qui a été fait à Beg-meil](https://stateofther.github.io/finistR2018/atelier3_package_creation.html), je vous propose un tour d’horizon des bonnes pratiques et de l’ensemble des outils disponibles pour réaliser le développement d’un package R. On parlera github, travis, {pkgdown], roxygen2, déploiement, {testthat], appveor, configure, Makevars, {usethis}, {devtools}, yaml, etc. Venez avec en tête de mettre les main dans le cambouis pour votre propre package.

Organisation des premières satRday française à Paris du 23 février

Séance dédiée à la préparation des satRday du lendemain: https://paris2019.satrdays.org Avec tous les bénévoles du groupe !

Efficient analysis of large-scale matrices with two R packages: bigstatsr and bigsnpr

R package {bigstatsr} provides a special class of matrix whose data is stored on the disk instead of the RAM, but you can still access the data almost as if it were in memory. It is particularly useful is you have a large matrix to analyze but not enough RAM on your computer. It can still be useful for matrices that fit in your RAM because package {bigstatsr} provides very efficient and parallelized algorithms (have you ever found cor or svd too slow?